Usytuowane w zabytkowym XV -wiecznym budynku dawnego kościoła ewangelickiego, muzeum prezentuje zarówno historię Helu, jak i tradycyjnego helskiego rybołówstwa i rzemiosła szkutniczego Kaszubów. We wnętrzach, których oryginalna aranżacja łączy walory wystawiennicze z wyjątkowością dawnej przestrzeni sakralnej, w formie instalacji prezentowane są zabytkowe łodzie i narzędzia rybackie, warsztat szkutnika i zagadnienia związane z ekologią Bałtyku. Zbiory muzeum to również kolekcja archiwalnych fotografii i malarstwa marynistycznego, w tym obrazów m. in. Stanisława Kamockiego i Jana Maksymiliana Kasprowicza. Wokół budynku zgromadzono w formie skansenu tradycyjne rybackie jednostki, zaś szczególną atrakcją oddziału jest wieża, ze szczytu której rozpościera się widok na helski port i Zatokę Gdańską.